생물정보 취준일기

엑셀에서는 셀마다 조건을 매겨 새로운 값을 만들어야 할 때가 많다. 오늘은 IF 함수에 대해 알아보기로 한다. IF의 기본 형식은 다음과 같다. 더보기 IF(조건,참일때 값, 거짓일때 값) 예를 들어 점수 커트라인에 따라 합격, 불합격을 나눠야 한다면 다음과 같이 만들 수 있다. 커트라인을 50점이라고 가정했을 때는 위와 같이 작성할 수 있다. 마찬가지로 박스의 꼭지점을 더블클릭하면 아래 셀까지 빠르게 같은 수식을 적용시킬 수 있다.

VLOOKUP 함수는 표의 맨 좌측 값을 이용하여 같은행에 위치한 다른 값을 찾아주는 함수입니다. 이게 무슨 말이냐면 다음과 같은 데이터가 있다고 할 때, VLOOLUP 함수를 이용해서 다음과 같이 1에서 해당되는 "딸기"라는 값을 찾을 수 있습니다. 식은 VLOOKUP(참조값, 찾을범위, 찾고싶은 열번호)의 순서대로 써주면 됩니다. 중요한 부분은 이미지에서 볼 수 있듯 찾을 범위를 절대 참조 해야한다는 점입니다! 찾고싶은 부분이 1뿐이라면 문제 없지만, 보통 우리는 많은 데이터에 동시 적용해야하는 경우가 많습니다. 이미지에 노란색으로 표시된 박스를 더블클릭하여 빠르게 채워줄 수 있지만, 상대참조를 했을 경우 범위가 한 칸씩 밀려 내려가게 됩니다. 이런 경우에, 참조 범위를 선택한 뒤, F4키를 눌러 절..

파이썬에서 txt나 csv 등의 파일을 불러오려면 다양한 방법이 있습니다. 1. open 파일객체 = open("파일명",파일모드) file = open("test.txt",'r') 파일 모드는 읽기(r), 쓰기(w)가 있고 여기에서는 파일을 불러올 것이기 때문에 'r'로 설정하면 됩니다. 2. with open with open('test.txt','r') as f: file = f.readlines() 으로 기본 형태는 as 뒤에 파일 객체를 넣어주고 : 이하에 원하는 코드를 넣으면 됩니다. 여기에서는 각 라인을 읽어들이는 형태입니다. 3. pd.read_csv pandas에서도 파일을 읽는 간단한 방법을 제공한다. read_csv()라고 되어있지만 구분자를 탭으로 조정하여 txt를 읽을 수도 있고 ..

library(readxl) a

밀도분포 그래프란 ( Density plot) 원 데이터의 밀도를 나타낸 그래프이다. 더 부드러워진 히스토그램 느낌. 그러나 히스토그램은 도수나 상대도수, 밀도분포 그래프는 확률분포를 통해 그려진다. 이 밀도 곡선으로 그려지는데 곡선 아래 면적의 합이 1이 된다는 특징이 있다. R에서는 ggplot2 패키지의 geom_density()를 이용하여 간단하게 그릴 수 있다. # iris data 불러오기 data(iris) library(ggplot2) ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Width))+geom_density()

R에서도 for문을 이용하여 반복작업을 빠르게 수행할 수 있다. 다양한 함수를 for 구문 안에 집어넣어 반복작업을 효과적으로 돌릴 수 있다. 다음과 같이 할 수 있는데 for(i in 1:5){ print(i) } #print 1 2 3 4 5 데이터 프레임을 대상으로 사용할때는 for 범위를 1:ncol(a), 1:nrow(a) 등으로 사용하여 전체 행이나 열에 대하여 수행할 수도 있다.

파이썬에은 다양한 방법으로 생물정보학 분석에 사용될 수 있다. 그 중 기본적으로 사용될 수 있는 fasta 파일을 읽는 방법을 알아본다. 먼저 fasta 파일은 다음과 같이 >와 함께 나오는 헤더(header)와 시퀀스로 구성되어있다. 내가 필요한 건 주로 시퀀스이기 때문에 코드를 다음과 같이 짤 수 있었다. import re with open("input.fasta") as file: f = file.read().replace("\n","").split(">") st = [] seq = [] for i in range(len(f)): st.append(f[i].replace("Rosalind_","")) st = [v for v in st if v] for i in range(len(st)): seq...

반복 작업을 할 때는 일반적으로 for문을 활용하게 된다. 그 중 가장 많이 쓰이는 방법 중 하나가 for 루프! 리눅스에서는 다음과 같이 사용할 수 있다. for i in {1..10} do echo $i done for문 안을 해야 할 분석이나 script로 채우면 더 다양하게 활용할 수 있다. 디렉토리 안의 파일을 대상으로 for문을 돌려야할 때는 ``기호와 함께 다음과 같이 쓸 수 있다. for i in `ls *` do echo $i done 그럼 ls 의 인자(= 내부 파일)들을 for 루프 안에서 실행하거나 가공하는 등 다양하게 사용할 수 있다.

R에서도 다른 프로그램과 마찬가지로 커맨드라인을 통해 외부 파일을 인자로 입력받을 수 있다. #!/bin/R args = commandArgs(trailingOnly = True) Input = args[1] file

리눅스 상에서 head 나 tail 말고도 파일 중간의 특정 행을 확인하고 싶을 때가 있다. 방법은 sed 를 이용해서 간단히 볼 수 있다. 만약 test.txt 라는 파일의 5번째 행부터 10번째 행까지 확인하고 싶다면 다음과 같이 확인할 수 있다. sed -n '5,10p' test.txt 이 방법은 라인을 특정지어 확일할 수 있기 때문에 파일을 전체적으로 훑어보고 싶을 때는 more나 less, vim 편집기 등을 이용하는 방법이 있다.