생물정보 취준일기

파이썬에서 txt나 csv 등의 파일을 불러오려면 다양한 방법이 있습니다. 1. open 파일객체 = open("파일명",파일모드) file = open("test.txt",'r') 파일 모드는 읽기(r), 쓰기(w)가 있고 여기에서는 파일을 불러올 것이기 때문에 'r'로 설정하면 됩니다. 2. with open with open('test.txt','r') as f: file = f.readlines() 으로 기본 형태는 as 뒤에 파일 객체를 넣어주고 : 이하에 원하는 코드를 넣으면 됩니다. 여기에서는 각 라인을 읽어들이는 형태입니다. 3. pd.read_csv pandas에서도 파일을 읽는 간단한 방법을 제공한다. read_csv()라고 되어있지만 구분자를 탭으로 조정하여 txt를 읽을 수도 있고 ..

파이썬에은 다양한 방법으로 생물정보학 분석에 사용될 수 있다. 그 중 기본적으로 사용될 수 있는 fasta 파일을 읽는 방법을 알아본다. 먼저 fasta 파일은 다음과 같이 >와 함께 나오는 헤더(header)와 시퀀스로 구성되어있다. 내가 필요한 건 주로 시퀀스이기 때문에 코드를 다음과 같이 짤 수 있었다. import re with open("input.fasta") as file: f = file.read().replace("\n","").split(">") st = [] seq = [] for i in range(len(f)): st.append(f[i].replace("Rosalind_","")) st = [v for v in st if v] for i in range(len(st)): seq...