생물정보 취준일기

반복 작업을 할 때는 일반적으로 for문을 활용하게 된다. 그 중 가장 많이 쓰이는 방법 중 하나가 for 루프! 리눅스에서는 다음과 같이 사용할 수 있다. for i in {1..10} do echo $i done for문 안을 해야 할 분석이나 script로 채우면 더 다양하게 활용할 수 있다. 디렉토리 안의 파일을 대상으로 for문을 돌려야할 때는 ``기호와 함께 다음과 같이 쓸 수 있다. for i in `ls *` do echo $i done 그럼 ls 의 인자(= 내부 파일)들을 for 루프 안에서 실행하거나 가공하는 등 다양하게 사용할 수 있다.

리눅스 상에서 head 나 tail 말고도 파일 중간의 특정 행을 확인하고 싶을 때가 있다. 방법은 sed 를 이용해서 간단히 볼 수 있다. 만약 test.txt 라는 파일의 5번째 행부터 10번째 행까지 확인하고 싶다면 다음과 같이 확인할 수 있다. sed -n '5,10p' test.txt 이 방법은 라인을 특정지어 확일할 수 있기 때문에 파일을 전체적으로 훑어보고 싶을 때는 more나 less, vim 편집기 등을 이용하는 방법이 있다.

리눅스를 통해 파일을 다루다 보면 디렉토리만 검색해야 할 일이 생긴다. ls -d 뒤에 */ 만 붙여주면 된다. 다른 방법들도 있는데 이 명령어를 사용하는게 가장 간단한 것 같다. ls -d */

Linux vim 편집기를 이용하다 보면 ctrl + f 와 같은 기능을 사용해야 할 때가 있다. vim / vi 에서는 esc 를 눌러 일반 모드로 진입해야 한다. 그 후, "/"를 입력 후 enter 를 통해 원하는 문자열을 검색할 수 있다. 검색한 텍스트에서 다음 찾기로 넘어가는 것은 n, 이전 찾기로 돌아가는 것은 shift + n 으로 할 수 있다. 예를 들어 다음과 같은 파일을 vim을 통해 만들었을때, "b"라는 문자열을 찾기위해 표준 모드 진입 후 + 찾고자 하는 "b" + enter를 눌러주면 커서가 다음과 같이 이동한다. 다음 문자열을 찾을 때는 n, 이전으로 돌아갈 때는 shift + n 을 눌러주면 된다.